自动化系教学条件优越，建有电机与拖动实验室、电力电子技术实验室、系统仿真实验室、自动控制原理实验室、运动控制实验室、检测与仪表实验室、PLC实验室、电气控制实验室、工厂供电实验室、PCB制版与检测中心、SMT工程实训中心等覆盖全面的专业实验室。
合肥学院先进制造工程学院自动化系下属一个招生专业——自动化专业，成立于2003年，是合肥学院的传统专业，招生历史悠久。本专业是教育部首批实施“卓越工程师教育培养计划”专业、省专业综合改革试点专业，合肥学院首批一本招生专业，于2019年获批安徽省一流本科专业建设点。目前自动化专业拥有专职教师20人，其中教授5人，副教授9人，拥有博士学位者15名。教学科研素质高、能力强、结构合理。
自动化专业主要专业基础课包括电路、数字电路基础、模拟电路基础、控制理论与仿真、传感器与检测技术、电气控制技术、微处理器技术、功率变换技术、电机及拖动基础等。专业类学位课程分为三个主要方向：运动控制技术方向、过程控制技术方向、电气工程方向。
自动化专业立足安徽，面向全国，培养适应安徽省乃至周边地区经济和社会发展需求，能够在现代制造业及相关领域从事自动控制系统及其模块的分析、设计、测试、运营维护和管理的高素质工程应用型人才，成为社会主义事业的合格建设者和可靠接班人。毕业生可从事运动控制、过程控制、制造系统自动化、电气自动化技术、机器人控制、自动化仪表和设备、智能监控系统、物联网等方面的工程设计、技术开发、系统运行与维护、工程项目实施和管理，销售等工作；就业方向主要包括技术研发公司、科研院所、设计单位、工业制造企业、外贸等。随着中国制造2025纲领的实施，自动化产品不断普及，智能楼宇和智能家居的应用，智能交通的不断发展，社会对这一专业人才的需求将会不断增加，就业前景更为广阔，选择方向也会更多。
合肥学院积极为学生顺利就业提供良好条件。自动化系所在学院先后与宁波奥克斯、深圳讯方、上海音达、合肥国轩高科动力能源有限公司、惠而浦（中国）股份有限公司、安徽广银铝业有限公司、合肥中南光电有限公司等单位签订就业基地协议。2020年邀请近60家企业进校举办专场招聘会，共为学生推荐了五百多个工作岗位，并有80多名学生通过专场招聘会落实了工作单位，取得了非常好的效。2017年-2020年自动化专业学生就业率均达到98%以上，安徽省各大知名企业均可见我专业毕业生身影，并逐渐成长为企业的中坚力量。
近年来，自动化专业毕业生考研率也逐年增加，国内外研究生录取比率也逐年增加，2019年与2020年研究生录取人数均超过20人，录取成功率均超过20%，升学去向包括北京交通大学，合肥工业大学、中国科学技术大学、杭州电子科技大学、中国矿业大学、南京理工大学、河海大学、安徽大学等。
除课程学习内容之外，学院也积极鼓励自动化系学生参与各类学科竞赛以及科学研究项目，并配备专业老师进行指导，学生作品通过选拔代表学校参加各类赛事，在包括全国智能车竞赛、“西门子杯”中国智能制造挑战赛、“互联网+”大学生创新创业竞赛、大学生电子设计竞赛、“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛、“挑战杯”大学生创业计划大赛、安徽省百所高校百万大学生科普创新大赛、全国信息技术应用水平大赛等多项省赛、国赛中获奖，取得了优异的成绩，2017年自动化系学生获得省级以上学科技能奖项37项，2018年自动化系学生获得省级以上学科技能奖项38项，2019年自动化系学生获得省级以上学科技能奖项64项，2020年自动化系学生获得省级以上学科技能奖项62项。
