自动化专业是合肥学院先进制造工程学院自动化系开设的专业，自动化专业是合肥学院的传统专业，招生历史悠久，以自动控制理论为基础，以电子技术、计算机信息技术、传感器与检测技术等为主要技术手段，对各种自动化装置和系统实施控制，形成了人才培养与市场需求相结合的富有特色的应用型人才培养模式，获教育部首批实施“卓越工程师教育培养计划”专业、省专业综合改革试点专业，于2019年获批安徽省一流本科专业建设点。目前自动化专业拥有专任教师20名，其中教授5名，拥有博士学位者15名。教学科研素质高、能力强、结构合理。
自动化专业教学条件优越，建成电机与拖动实验室、电力电子技术实验室、系统仿真实验室、自动控制原理实验室、运动控制实验室、检测与仪表实验室、PLC实验室、电气控制实验室、工厂供电实验室、PCB制版与检测中心、SMT工程实训中心等专业实验室，与合肥阳光电源股份有限公司、安徽省电力设计院、安徽省电力科学研究院、许继集团有限公司、惠而浦（中国）股份有限公司等多家企事业单位建立了良好的产学共建关系；这些可以为本专业学生提供得天独厚的实习与实训条件。